Lahirnya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah dan Undang-Undang No. 25 Tahun 1999 tentang Perimbangan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah merupakan langkah strategi dalam paradigma penyelenggaraan Otonomi Daerah di Indonesia yang menggeser paradigma sentralisasi menjadi paradigma desentralisasi dengan menempatkan Otonomi Daerah secara utuh pada daerah Kabupaten dan Kota. Sedangkan dalam kebijaksanaan perimbangan keuangan antara Pemerintah Pusat dan Daerah menganut paradigma desentralisasi fiskal yang memfokuskan pembagian dana perimbangan secara proporsional, berkeadilan, dan transparan sebagai strategi perekat kesatuan dan persatuan bangsa dalam rangka memperkokoh integritas Negara Kesatuan Indonesia.

Spirit yang mendasari Otonomi Daerah adalah mendorong daerah agar mampu memberdayakan masyarakat, menumbuhkan prakarsa dan kreatifitas masyarakat dalam rangka pemberdayakan segenap potensi daerah sesuai karakteristik, kebutuhan dan kemampuan daerah secara proporsional, sinergik dan sistematis agar menghasilkan suatu hasil (out comes) yang optimal dan kompetitif dalam lingkungan global, regional dan nasional, sehingga pelayanan dan derajat kesejahteraan masyarakat semakin meningkat secara merata dan berkeadilan.

Pendeklarasian Asosiasi Pemerintah Kabupaten Seluruh Indonesia (APKASI) pada tanggal 30 Mei 2000, bertujuan untuk menciptakan iklim kondusif di dalam penyelenggaraan Pemerintah Kabupaten guna tercapainya kemandirian daerah dan meningkatkan kesejahteraan masyarakat serta memelihara persatuan dan kesatuan bangsa menuju terwujudnya tujuan nasional sebagaimana diamanatkan dalam Pembukaan Undang-Undang Dasar 1945.

Pembentukan APKASI juga didasari oleh Keputusan Menteri Dalam Negeri No. 16 Tahun 2000 tentang Pedoman Pembentukan Asosiasi Pemerintah Daerah. Pendeklarasian yang dilaksanakan di Jakarta tersebut dihadiri oleh 26 Bupati yang mewakili Propinsi masing-masing dan menghasilkan keputusan Pembentukan Pengurus APKASI, yakni :

  1.  Ketua Umum : Drs. H. Syaukani HR, Bupati Kutai Kartanegara
  2.  Wakil Ketua : Syahrul Y. Limpo, SH, Bupati Gowa
  3.  Wakil Ketua : H. Nasrudin, MSi, Bupati Aceh Barat
  4.  Wakil Ketua : Drs. H. Misbach, Bupati Sumedang

Anggota :

  1. Drs. J. Damanik, Bupati Simalungun
  2. Drs. H. Azis Haily, MA., Bupati Lima Puluh Kota
  3. H. M. Rusli Zainal, SE., Bupati Indragiri Hilir
  4. H. Rotani Yutaka, SH., Bupati Merangin
  5. Ir. Eko Maulana Ali, MSc., Bupati Bangka
  6. Ahmad Hijazi, SH., Bupati Rejang Lebong
  7. Drs. Tamanuri, Bupati Waykanan
  8. Drs. Triyono Budi Sasongko, Bupati Purbalingga
  9. Drs. Idham Syamawi, Bupati Bantul
  10. Drs. Syamsul Hadi Siswoyo,MSi., Bupati Jember
  11. DR. Mickael Andjioe, MBA., Bupati Sanggau
  12. Drs. Noor Aidi, Bupati Tabalong
  13. Ir. Burhanuddin Ali, Bupati Kapuas
  14.  Drs. Freddy Manahampi, MBA, MM., Bupati Sangihe dan Talaud
  15. N. Bidja, Bupati Donggala
  16. H. Adel Berty, Bupati Kolaka
  17. A.A. Ngurah Oka Ratmadi, SH., Bupati Badung
  18. Drs. H. Iskandar, Bupati Lombok Barat
  19. Willem Nope, SH., Bupati Timor Tengah Selatan
  20. Drs. H. Husein A. Rahayaan, Bupati Maluku Tenggara
  21. Drs. A.B. Andili, Bupati Halmahera Tengah
  22. Ir. Yan P. Karafir, SH., Bupati Jayapura

Dalam melaksanakan misinya APKASI bertujuan menciptakan iklim yang kondusif terhadap pelaksanaan kerjasama antar Pemerintah Kabupaten untuk memanfaatkan peluang nasional, regional dan global guna kepentingan Kabupaten dalam rangka kesejahteraan dan kemaslahatan masyarakat sesuai dengan amanat Pembukaan UUD 1945. Guna mewujudkan tujuan dimaksud, Asosiasi Pemerintah Kabupaten berkewajiban dan berhak menunjuk dan menetapkan perwakilannya sebagai anggota Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah (DPOD) untuk memperjuangkan kepentingan Kabupaten. Sebagai landasan dalam rangka mewujudkan tujuan tersebut, oleh karena itu APKASI telah menyusun dan menetapkan Konstitusi Asosiasi Pemerintah Kabupaten Seluruh Indonesia yang ditetapkan pada Musyawarah Nasional I APKASI yang diselenggarakan pada tanggal 3 – 4 Agustus 2001 di Tenggarong Kabupaten Kutai, Kalimantan Timur, dengan diikuti suatu harapan semoga Tuhan Yang Mahaesa memberi petunjuk dan kekuatan guna suksesnya pelaksanaan Misi Asosiasi Pemerintah Kabupaten Seluruh Indoneisia (APKASI) dalam mewujudkan tujuannya.